同种文明之间的战争很好理解，战争其实就是一种对资源的再分配，只是表现形式比较激烈而已。
机械化文明之间、能量化文明之间甚至生体化文明之间的战争的起因一定就是对于生存资源的争夺，其中有空间、能量、人口等等。但是归根到底战争的目的都是为了占有对方的现有资源，所以哪怕是为了以毁灭敌方文明为目的，最后所图也是为了能够占有更多更好的资源。
而相同类型的文明之间所需要的资源大致相同，甚至利用方式也会大差不差的，机械化文明肯定对物质的数量甚至品质需求非常巨大和高端，能量化文明肯定是对能够有效利用能量的需求比较迫切，而生体化文明是介于前两者之间一种文明存在，那么他的需求量会更加巨大。
既然需求一样，使用和获取手段又差不多，那么如果没有特殊状况，就不会产生毁灭行政星系甚至单单一颗行政星的行为。最简单的道理就是熄灭或者点燃一个恒星的能量不会比和平掠夺恒星物质中所得的少多少，甚至可能花费更多。战争其实就是做生意，费力不讨好，收支不平衡的事情不会有几个真正的智慧生命群体去做的。
能够灭掉敌方的抵抗力量，毁掉敌方的抵抗意识，将敌方人员转化为自己阵营，然后用自己的最少人力与物力去获取最多的自己所需资源，这才是值得进行的文明之间的战争。
不是这种形式的战争，最终的结果只有一个，那种所到之处片甲不留，以灭绝其他文明群体，毁灭星球为战争手段的文明一定会被整个宇宙的大多数智慧群体所排斥，而且长期进行这种无占领的战争，最终会进入没有资源，去毁掉星球获得资源，又没有资源，又毁掉星球获得资源的怪圈，然后成为流浪文明。
而无根的流浪文明最终一定会因为整个族群的文明和自己的退化导致文明灭绝。

再来说不同文明之间的战争，比如类似星际争霸的那种三方争霸。
其实根据文明的分类标准就可以看出，其实机械化文明与能量化文明非常容易形成同盟甚至共生关系，因为抛开两种文明之间肯定存在的意识形态和道德标准不同以外，其实两者在生存空间和资源上的冲突不是非常大，甚至还没有自身类型文明之间的冲突大。所以两者就算在第一次接触时发生战争，也不会持续很久，基本会形成两者之间不断有小摩擦但无大争斗的局面，通过局部小战争展现自身实力来争夺在同盟中的话语权。
最后说到生体化文明，这种文明的如果能够存在，并且发展到星际时代，那么他一定是有着逆天的气运。由于这种最重视自身对环境的普适性，所以他既会与机械化文明产生物质上的争夺，也会对能量化文明产生威胁。因此一定会遇到其他两种文明的联合绞杀，甚至间接促成两者的合作与结盟。
而对待这种走哪都会让主人厌恶的角色，遭受的战争就很难是以征服和占领为目的的了，很大程度上会非常容易遇到那种最极端的毁灭。从自身文明到存在星球甚至周边星系都会其他两种文明直接湮灭。

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说这么多，其实就是为了说明，星际战争或者说异种文明之间一般很难产生大规模战争，甚至有时候很难对非军事星产生影响。基本形式就是本文明抵抗力量被打没了，本文明最高领导层投降或者被杀后，然后成为其他文明的殖民地或者附属。对于其他个体来说，一般不会有大的改变，日子一样要过，工作一样要做，只是文明高层换成了一批以前没见过的而已。
有人老是拿《三体》来说事，其实看书不光是看内容，还要看作者的经历，写作时所处的环境和要表达的思想。《三体》成书于90年代末，可以看出作者成长期受到80年代的伤痕文学的影响很深，他的主要作品都是那种披着科幻的外衣，进行着对人性的反思。所以作者的书中总是充满那种阴暗不满和暴躁的情绪，偶尔的温馨也是为了下一场的悲剧做铺垫。
《三体》我看了以后没觉得是科幻，只要把武器名称换成我们耳闻能详的那些杀人利器，把星球换成地球上的各个国家，那么理解作品就会容易很多。
天朝在近代史中的一百多年中一直处于非常压抑的状态，这种压抑在60,70年代全面爆发出来，然后在80年代又被压制下去，而进入90年代后的迷茫更是让很多人无法适应。自身文明被外来文明不断冲击，有良知的人又找不到方向或者说无能为力，社会道德不断刷新底线，有些年龄大的一定知道那时候最流行的不是成功学而是厚黑学。
《三体》就是在这种社会背景下的完成的，绝望，无助，拼命的想要拯救或则获得拯救，却最终毫无结果，悄无声息。书里的那种文明之间相处的原则，完全不符合社会发展和文明进化的正常方式，而作者将这种病态不正常的东西作为书中所有文明认为最正常的事情，明明是一眼就可以看出非常荒诞的事情，却被所有人当做圣条，这就是作者的绝望。
没有经历过80,90年代，没有看过60,70年代书籍和历史的人，是非常难理解那种看到众人癫狂毁灭美好时的绝望和无助，看到人与人之间越来越冷漠却无能为力的无力感。
所以，不要再拿《三体》说事了，那本书讲的是一个越变越来冷漠的宇宙，和一群或者推波助澜或者逆流而上或者试图挣脱的家伙们，看的是他们的可怜可悲可敬之处。看过这本书应该是警醒，而不是奉为圣典。

中国科幻小说家的通病就是要么格局很小，要么性情偏激，全都对人性思考很深，但是对社会避讳很重，其实也是中国文人的通病。
进入星际时代的文明，不同于中华文明或者希腊文明这种文化文明。
举例来说，地球文明现在还没有进入我划分的三种文明任何一种，因为她还没有跨入星际时代，现在只是出于婴儿期，将来究竟是以何种文明形式走出星际，现在没人知道。但是可以肯定的是，那时的文明中的文化一定是多元，同理就可以得到其他走出星际的地外文明中的文化也一定是多元。
多元文化自带一个最大好处就是兼容并包，那么两个都可以兼容并包的文明相遇时，开始的试探性接触和攻击后，一定是迅速展开全面的互相渗透， 战争的形式不再是枪弹舰队，而是各种文化输出和心理引导，要么相互融合形成一个新的文明，要么有一个强势文明完全融合另个一文明。
至于杀戮，在星际时代的军队的主要职能一定是对内，或者是欺负人家生体化文明的。

楼主的问题就是知道得太少，想得太多。
简单的本质却复杂化，复杂的关系却简单化。
建议楼主可以先了解一下耗散结构论，先考虑一下生命的本质，再想想文明是什么比较好。
至于战争什么的，楼主想太多了。

我感觉你根本就没仔细看三体，三体充满了对人文的讽刺，在作者看来面对生存危机道德与爱是可以忽略的东西。在谈三体前先去了解下作者是个什么样的人好吗？作者在一次节目里表示在绝境中为了人类文明的延续他可以杀人吃人。