四份秘宝的线索所在位置大致如图，具体介绍如下
一、宝藏线索·危危岛
1.前往危危岛西南面的礁石处，击碎石头，开启宝箱获得一个线索
2.根据线索，来到星象下方
3.在附近寻找漩涡汇聚的地方，宝箱就在礁石上，开启宝箱拾取线索
二、宝藏线索·破破岛
前往破破岛西北面的礁石处，完成音符解谜，除了洞口三个小喇叭需要调整，山顶还有一个小喇叭需要调整，开启宝箱拾取线索
三、宝藏线索·双双岛
1.前往双双岛东北面海上的礁石处，与[夜鸦船长]对话，然后帮他清理丘丘人
2.遵循[夜鸦船长]的指示穿越迷雾，开到小石头那里之后，往右转，开一小段路就看到岛屿了
3.上岛之后开启宝箱，获得线索
四、宝藏线索·布丁岛
1.前往布丁岛东面的礁石处，击败魔物，开启宝箱获得一个线索
2.前往盆景处，把左右两侧的假山换成「浮光山石」，然后来到下图的位置，获取第二条线索
3.再回到盆景处，把右侧假山换成「磐固山石」，然后来到下图的位置，获取最终线索